ISAM (MyISAM)
มีความรวดเร็วในการอ่านและเขียนสูง เนื่องจากมีการจัดเก็บไว้ในรูปแบบของแฟ้มข้อมูล ซึ่งรองรับการอ่านข้อมูลพร้อมๆ กันได้ (เหมาะสำหรับ Web Application) แต่อาจจะมีปัญหาเมื่อใช้งานกับระบบที่ต้องมีการอ่าน/เขียน ข้อมูลในตารางเดียวกัน พร้อมๆ กัน ที่สำคัญ ฐานข้อมูลประเภท MyISAM จะมีปัญหาเรื่อง Index เสีย และ Data Corrupt บ่อยมาก หากใช้งานใน OS ที่เป็น Windows และมีการ Shutdown อย่างไม่ถูกต้อง ซึ่งทำให้ผู้ดูแลระบบต้องมีการซ่อมแซม (repair table bad_table) ตารางทีมีปัญหาอยู่เรื่อยๆ
InnoDB
ข้อดีคือ รองรับการทำ Transaction รองรับการอ่านและเขียน พร้อมๆ กันได้ดีกว่าฐานข้อมูลประเภท MyISAM และยังมีระบบ Auto Data Recovery หากมีการ shutdown โดยไม่เหมาะสม (ไฟดับ) ซึ่งในการใช้งานผู้ใช้สามารถเลือกได้ว่าจะให้ตารางใดเป็นประเภท InnoDB หรือ MyISAM ขึ้นอยู่กับความเหมาะสม (ว่าจะเลือกความเร็ว หรือ ประสิทธิภาพ)
InnoDB สนับสนุนการใช้ FOREIGN KEY Constraints
วิธีการเปลี่ยน table จาก MyISAM ให้เป็น InnoDB และเพิ่ม FOREIGN KEY ทำได้ 2 วิธี
1. ใช้คำสั่ง ‘ALTER TABLE’ เพื่อแก้ไข 2. ใช้คำสั่ง ‘DROP TABLE’ ทิ้งไปแล้วสร้างใหม่ แต่ข้อมูลที่มีอยู่จะหายหมด